一、改善生态环境。栽培房棚要选择在近河流，空气流畅，四周宽阔，远离禽畜饲养场、酿造厂、生活区、医院至少3000米以外；场地采取翻土、晒白、灌水等措施取代农药消毒；水源水质清净无污染，严禁污水喷菇、浸水。
二、提倡生物防治。培养料配置可采用植物抑霉剂和植物农药，如中药材紫苏、木本油料植物菜籽饼等均可制成植物农药杀虫、治螨。还可以采用壮菇抑虫、从菌种选育、培养料配比、堆料发酵、接种发菌、出菇管理各个环节严格把关入手，减少病虫害，育壮菇体，增强自身抗病抵害能力。此外还可以采取特异性菇类轮作、间作、如竹荪有一股浓香味，蚊虫闻而生畏，采用菇、荪交替轮作也有利于防虫。
三、实行物理防治。接种室、发菌室、超净工作台等，采用30瓦紫外线灯照射消毒杀菌；也可采用电子臭氧灭菌器消毒杀菌。栽培房采用黑光灯诱杀菇蚊、蝇、叶蝉等昆虫。菇房（棚）门窗安装防虫网、纱窗等。
四、严格科学用药。坚持以防为主，在确定需要使用化学农药时，必须选用高效低毒、低残留的药剂。如敌百虫、辛硫磷、克螨特、锐劲特、甲基托布津、甲霜灵等。用药应在没出菇或每批菇采收后进行，并注意少量、局部施用，防止扩大污染。严禁在长菇期喷洒农药，禁止在菇类生产过程中使用甲胺磷、甲基1605、1059、久效磷、水胺硫磷、杀虫脒、氧化乐果、毒杀酚等一切汞制农药及其他高毒、高残留农药。
五、产品加工符合标准。食用菌产品常因加工过程引起含硫量超标，为此必须全面推广精密度好的机械进行脱水烘干。菇品包装必须符合国家卫生标准：GB7096-86干食用菌卫生标准，GB7097-86鲜食用菌卫生标准及GB9691-88食品包装卫生标准。
