１、播种后管理 播种后菌丝生长不良、菌种不萌发、不吃料、只在料面生长及出现萎缩等现象时应及时查找原因，采取补救措施。当料有氨臭味时，应在料内戳洞，加强通风换气。若料偏干，可每天向覆盖的报纸喷水两次。料过湿要加强通风，遇高温，要采取降温措施，如属菌种原因，应及时更换菌种，进行重播。
２、覆土后菌丝生长不良 覆土后３～５天菌丝不上土，呈灰白色、稀弱无力，严重者料面见不到菌丝甚至发黑，是菌丝萎缩所致。主要原因是覆土后喷水过多过急，造成因缺氧而致使菌丝窒息萎缩。应立即停止喷水，加强通风，降低培养料湿度，以利于菌丝恢复爬土。
覆土材料偏干，ｐＨ值低于５，含盐量高时易导致菌丝在料中生长不正常，迟迟不上土。
当菌丝长出土层表面持续２～３天遇到高温、高湿环境，菌丝就会徒长，形成一种浓密的、不透水、不透气的菌被层，防止菌丝徒长结被的措施是：当菌丝刚长出覆土层，就要及时加强通风，使土面干燥，促使菌丝由营养生长转向生殖生长，并及时喷结菇水，以利于原基的形成。若加强通风也不能使菌丝倒伏时，就应喷０．５％石灰水。如果土面已有菌被，可用小刀或竹片将菌被挑弃。
3、锈斑病 子实体出土后，若喷水后不及时通风，由于空气湿度大，菇表面水分蒸发慢，菇盖上积聚水滴的部位便会出现铁锈色的斑点，虽然斑点不长入菌肉，但会降低蘑菇品质。
4、疣孢霉 在整个栽培过程中均会出现疣孢霉菌，应做好土壤消毒。在盖土前可用石灰水打或人式拔除，也可用食盐兑水喷。
5、空心菇 在出菇期间，若温度高，子实体生长迅速，水供应不足，就会在菌柄产生白色疏松的髓部，甚至菌柄中空。有时也会因气温低，子实体生长缓慢，在床面因停留时间过长而形成空心菇，应及时调整覆土含水量，并适当进行间歇喷大水。同时注意温度的调控。
6、硬开伞 当气温变化幅度大，昼夜温差达１０℃以上，加之空气湿度小和通风过多时，易使正在生长未成熟的子实体开伞或出现龟裂。覆土层过薄，也可形成硬开伞。
7、群菇 许多子实体参差不齐的密集成群菇，既不能增加产量，又浪费养分和不便于采菇，群菇的产生与菌种特性和播种方式有关，一般老化菌种和采用穴播方式易产生群菇。可采用混播法，或在覆土前把穴播的老种块挖出，用培养料补平。
8、红根菇 出菇前高温阶段用水过多或培养料偏酸或葡萄糖过多以及通风不良等易产生红根菇。使覆土含水量保持在２２％～２５％之间，避免高温喷水，追肥得当，喷些石灰清水，可预防红根菇。
9、线虫、菇蚊、菇蝇、旱螺、蜗牛可用高效低毒农药喷施或物理防治
